產生熱電偶大部分的測量問題與誤差的原因主要是使用者不能正確使用熱電偶。以下列表顯示的是必須清楚的普遍問題以及易犯的錯誤連接問題。大部分的測量誤差都是由于誤加熱電偶結點產生的。請記住，所有不同金屬的連接都會產生一個結點。如果你需要延長熱電偶的導線，你必須使用型號匹配的熱電偶延長導線（如K型熱電偶需K型延長線）使用其他類型的導線會產生一個額外的熱電偶結點。所有的連接線都必須采用類型相符的材料以及在連接時極性配對必須正確。

 

　　導線電阻為了減少熱量的分流以及減小相應時間，熱電偶由兩條細小的導體組成（對于白金熱電偶來說，成本也是需要考慮的一方面）這使得熱電偶能夠具有一個較高的電阻值，進而使得熱電偶對噪聲具有較高的靈敏度，同時這樣也會因為測量設備的輸入阻抗而產生誤差。典型的熱電偶32AWG導線（直徑0.25mm）具有15歐姆/米的電阻。具有2 MΩ電阻，所以對于上述類型的熱電偶導線，12米會產生少于0.01%的誤差。如果需要細的導體和長的引線，可以在保持熱電偶導體較短的情況下采用熱電偶延長導線來實現熱電偶與測量設備的連接。這樣可以在使用前不用去測量熱電偶的電阻。

 

　　標定等級一個隨機都有可能改變熱電偶結構的過程。這種情況產生的原因是空氣顆粒擴散到了金屬的測量端。另外一種原因是一些絕緣層的雜質或者是化學物質擴散到熱電偶的導線上。如果測量的是高溫，那么必須詳細檢查探頭的絕緣層情況。

 

　　噪聲熱電偶的輸出信號是非常小的，所以很容易受到電信號噪聲的干擾。大部分的測量設備（如TC-08）不會受到共模干擾（在兩條導線上具有相同的信號），所以噪聲可以通過把兩條導線連接在一起，使得它們都同時得到相同的噪聲信號這種方法來減小。

 

　　公模電壓雖然熱電偶信號非常的小，更大的電壓信號總是會存在于測量設備的輸入端。這樣的大電壓會通過感應電壓（在測量電機線圈與變壓器溫度是所產生的問題）或者是接地點產生。 一個由接地點產生大電壓的例子是用一個帶有絕緣層的熱電偶去測量熱水管的溫度。如果接地不良，那么就會在水管和測量設備的地端產生電壓。這些信號同樣是共模干擾信號（熱電偶的兩條導線情況是一樣的），但大部分設備的這些信號不會太大，所以不會產生什么問題。 

 

　　所有的熱電偶都有一些傳質。加熱這些傳質需要熱量，這樣會影響到你的溫度測量。以測量實驗試管內液體溫度為例：這里存在兩個問題。*個問題是熱量會在熱電偶的導線上傳導并且會散發到空氣中，這樣會減低導線周圍的液體溫度。如果熱電偶沒有充分的與液體接觸，也會產生同樣的問題。在以上的例子里，具有細導線的熱電偶會較好，因為液體與空氣接觸邊界上，熱電偶導線有一個較大的溫度梯度。如果采用細導線的熱電偶，就必須考慮導線的電阻。采用較粗的延長線與細導線熱電偶相連接的方法能較好的解決上述矛盾。